14. 1507
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Cesare gelingt die Flucht nach Navarra zu seinem Schwager Johann d’Albret, in dessen Auftrag er einen Aufstand niederschlagen soll. Während Giulia in Rom die Zukunft der Familie Farnese sichert, stiftet Lucrezia Frieden zwischen ihrem Mann Alfonso D’Este und dessen Halbbruder Giulio. Cesare stirbt in einem Hinterhalt der Aufständischen. Sein Diener Agapito überbringt Lucrezia die Todesnachricht.
13. 1506
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Während Lucrezia Alfonso D’Este einen Erben schenken muss, damit er sich nicht scheiden lässt, wird Cesare Gefangener Ferdinands von Aragon. Ferdinand bietet Cesare die Freiheit, wenn er seinen Schwiegersohn Philip von Habsburg tötet. Auch Philip verspricht Cesare seinen Schutz, wenn er Ferdinand tötet. Nach Philips Tod erneuert seine Witwe den Auftrag an Cesare. Doch das Attentat schlägt fehl.
12. 1505
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Als Lucrezia erst nach der Geburt ihres Sohnes von Cesares Haft erfährt, verkündet sie kühn, eher ihren Sohn zu opfern als ihren Bruder zu verraten. Trotz Niccolo Machiavillis brillanten Plädoyers lässt Della Rovere ihn im Kerker. Lucrezias Bemühungen bleiben ohne Ergebnis, doch Machiavelli verhilft Cesare zur Flucht. Zurück in Ferrara, erfährt Lucrezia vom Tod ihres jüngsten Sohnes.
11. 1504
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In Ferrara stirbt der greise Ercole D‘Este, Alfonso wird als neuer Herzog akklamiert. Als Della Rovere, der neue Papst Julius, Cesare überlistet, beginnt Cesare, sich seinen Befehlen zu widersetzen. Cesares Position wird durch die Niederlage seines Bruders Goffredo weiter geschwächt. Lucrezias Versuche, Cesare zu unterstützen, laufen ins Leere: Della Rovere lässt ihn in den Kerker werfen.
10. 1503 - Teil 2
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Der Tod ihres neugeborenen Sohnes schwächt Lucrezias Position, zumal ihre Freundschaft mit Giulio Alfonso D‘Estes Zorn weckt. Vor dem Konklave ringt Cesare den widerstreitenden Parteien Zugeständnisse ab. Rodrigos Nachfolger wird sein Erzfeind, der greise Piccolomini, der jedoch nur einen Monat später stirbt. Auf den Stuhl Petri gelangt mit Della Rovere ein Gegner, den Cesare gut zu kennen meint.
9. 1503 - Teil 1
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In Ferrara begegnen Alfonso D’Estes Geschwister Lucrezia mit Feindseligkeit, Alfonso verbietet der Einsamen den Umgang mit seinem unehelichen Halbbruder Giulio. Cesare überrumpelt die abtrünnigen Generäle und lässt sie töten. Seine Brutalität lässt Ludwig erschaudern. In Rom fällt Rodrigo der Malaria zum Opfer. Der syphiliskranke Cesare, Agapito und Goffredo verschanzen sich vor dem wütenden Mob.
8. 1502
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Gacet kehrt als Gesandter des Osmanischen Reiches zurück. Während Lucrezias Hochzeit mit Alfonso D’Este in Rom brodeln die Feindseligkeiten zwischen ihren Familien unter der Oberfläche. Gacet und Alessandro verhindern die Veröffentlichung von Rodrigos vermeintlichen Tagebüchern und töten Della Roveres Verbündeten Alidosi. Die echten Tagebücher verwahrt jedoch der Zeremonienmeister Burkhardt.
7. 1501
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Als Dorotea Malatesta Cesare zusammen mit ihrer neugeborenen Tochter verlässt, nimmt er an ihr und ihrer Familie grausame Rache. Lucrezia schafft die Hindernisse für ihre Ehe mit Alfonso D’Este aus dem Weg. Über ihre Hochzeit fällt ein Schatten: Sie darf nur ihren jüngeren Sohn Rodrigo nach Ferrara mitnehmen. Ihren Verdacht, er habe ihren Ehemann Di Calabria getötet, zerstreut Alfonso D’Este.
6. 1500
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Della Rovere setzt Alidosi auf Rodrigos Sekretär Gacet an, um diesen endgültig zu vernichten. Rodrigo entlässt Gacet, als er sieht, wie dieser Alidosi küsst. Cesare überzeugt Lucrezia, nach Rom zurückzukehren und Alfonso D’Este zu heiraten. Damit dessen Verlöbnis mit einer anderen Frau aufgelöst werden kann, müssen die Borgia dem französischen König Ludwig einige politische Zugeständnisse machen.
5. 1499
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Während sowohl Federigo von Aragon als auch Ludwig Anspruch auf den Thron von Neapel erheben, erobert Cesare Faenza kampflos. Alfonso Di Calabria will Cesare töten lassen, doch der Plan fliegt auf. Nachdem Alfonso in einem Hinterhalt schwer verletzt wird, kehrt Cesare nach Rom zurück. Lucrezia entdeckt einen Maskierten, der Alfonso tötet. Von Trauer überwältigt, zieht sie sich aufs Land zurück.
4. 1498
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Zu Rodrigos Ärger ist Cesare gezwungen, sich Ludwig zu unterwerfen und ihm freies Geleit durch den Kirchenstaat zu gewähren. Alfonso Di Calabrias Unachtsamkeit lässt Lucrezias jüngsten Sohn schwer erkranken. Alfonso sorgt für die Genesung des Kleinen, doch seine Position ist schwächer denn je. Cesares Glück wendet sich: Er erleidet eine schwere Niederlage und kehrt geschlagen nach Rom zurück.
3. 1497
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Cesare macht Dorotea Malatesta zu seiner Gefangenen. Während Alfonso D’Este erneut in Lucrezias Leben tritt, treibt Giulia Rodrigos Vertraute Yuisa in den Selbstmord. Della Rovere lässt über seinen Geliebten Alidosi eine Schmähschrift über die Borgia in Umlauf bringen. König Ludwig greift in Cesares Feldzug gegen die Stadtstaaten ein, doch der Heerführer Vitelli unterläuft Cesares Pläne.
2. 1496
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Nach einem epileptischen Anfall lässt Rodrigo Giulia nach Rom zurückkehren, doch ihr Liebesverhältnis ist beendet: Er genießt nun die Gegenwart von Yuisa, einer Frau aus der Neuen Welt. Vorerst verschonen Cesares Truppen Florenz. Als er Pesaro einnimmt und Lucrezias früheren Ehemann Giovanni Sforza tötet, schwört Alfonso Di Calabria Lucrezia, eher Cesare zu töten, als Sforzas Schicksal zu teilen.
1. 1495
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Lucrezia führt Rodrigos Geschäfte mit großem Geschick, bis dieser nach Rom zurückkehrt und sie zu seiner Beraterin macht. Cesare führt einen Feldzug gegen abtrünnige Provinzen des Kirchenstaats. Zugleich soll er Rodrigos ehemalige Geliebte Giulia ausspionieren. Von seiner Frau Lucrezia und Cesare gedemütigt, wird Alfonso Di Calabria zum Spitzel von Rodrigos Feinden im Vatikan.
